Selon les scientifiques, des variantes de virus menacent de provoquer la pandémie

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Pendant des semaines, l’ambiance dans une grande partie des États-Unis est au rendez-vous. Les cas, les hospitalisations et les décès dus au coronavirus ont fortement chuté par rapport à leurs sommets et des millions de personnes sont nouvellement vaccinées chaque jour. Des restaurants, des magasins et des écoles ont rouvert. Certains États, comme le Texas et la Floride, ont complètement abandonné les précautions.

De manière mesurable, les Américains gagnent la guerre contre le coronavirus. Des vaccins puissants et un déploiement accéléré garantissent quasiment un retour à la normale – pour les barbecues dans la cour, les camps d’été et les soirées pyjama.

Mais il est de plus en plus clair que les prochains mois seront douloureux. Les soi-disant variantes se propagent, portant des mutations qui rendent le coronavirus à la fois plus contagieux et dans certains cas plus mortel.

Alors même que les vaccins ont été autorisés à la fin de l’année dernière, ouvrant la voie à la fin de la pandémie, des variantes ont frappé la Grande-Bretagne, l’Afrique du Sud et le Brésil. De nouvelles variantes ont continué à apparaître – en Californie une semaine, à New York et en Oregon la semaine suivante. Au fur et à mesure de leur implantation, ces nouvelles versions du coronavirus menacent de reporter la fin de la pandémie.

À l’heure actuelle, la plupart des vaccins semblent efficaces contre les variantes. Mais les responsables de la santé publique craignent profondément que les futures itérations du virus soient plus résistantes à la réponse immunitaire, obligeant les Américains à faire la queue pour des séries régulières de rappels ou même de nouveaux vaccins.

«Nous n’avons pas l’évolution de notre côté», a déclaré Devi Sridhar, professeur de santé publique à l’Université d’Édimbourg en Écosse. «Cet agent pathogène semble toujours changer d’une manière qui nous empêche de le supprimer.»

Les responsables de la santé reconnaissent le besoin urgent de suivre ces nouveaux virus lorsqu’ils rampent à travers les États-Unis. Déjà, B.1.1.7, la variante très contagieuse qui a dévasté la Grande-Bretagne et fait des ravages en Europe continentale, augmente de façon exponentielle aux États-Unis.

Des tests génétiques limités ont révélé plus de 12 500 cas, dont beaucoup en Floride et au Michigan. Au 13 mars, la variante représentait environ 27% des nouveaux cas dans tout le pays, contre seulement 1% début février.

L’administration Biden s’est engagée à verser un «acompte» de 200 millions de dollars pour intensifier la surveillance, une perfusion destinée à permettre d’analyser chaque semaine 25 000 échantillons de patients à la recherche de variantes virales. C’est un objectif ambitieux: le pays ne séquençait que quelques centaines d’échantillons chaque semaine en décembre, puis passait à environ 9 000 échantillons par semaine à compter du 27 mars.

Jusqu’à récemment, la hausse de B.1.1.7 était camouflée par la baisse des taux d’infection dans l’ensemble, endormant les Américains dans un faux sentiment de sécurité et conduisant à des restrictions prématurément assouplies, selon les chercheurs.

«La meilleure façon de penser à B.1.1.7 et à d’autres variantes est de les traiter comme des épidémies distinctes», a déclaré Sebastian Funk, professeur de dynamique des maladies infectieuses à la London School of Hygiene and Tropical Medicine. “Nous obscurcissons vraiment la vue en les ajoutant tous pour donner un nombre global de cas.”

D’autres variantes identifiées en Afrique du Sud et au Brésil, ainsi que certaines versions de virus vus pour la première fois aux États-Unis, ont été plus lentes à se propager. Mais elles aussi sont inquiétantes, car elles contiennent une mutation qui diminue l’efficacité des vaccins. Cette semaine seulement, une éclosion de P.1, la variante qui a écrasé le Brésil, a forcé la fermeture de la station de ski de Whistler Blackcomb en Colombie-Britannique.

Le monde est pris dans un sprint entre les vaccins et les variantes, et les tirs finiront par gagner, disent les scientifiques. Mais parce que chaque infection donne au coronavirus une chance d’évoluer encore plus loin, les vaccinations aux États-Unis et ailleurs doivent se dérouler le plus vite possible.

Les infections augmentent à nouveau, poussées à un degré incertain par B.1.1.7 et d’autres variantes. Plus tôt cette semaine, la Dre Rochelle Walensky, directrice des Centers for Disease Control and Prevention, a supplié les Américains de continuer à pratiquer le masquage et la distanciation sociale, affirmant qu’elle ressentait un sentiment de «catastrophe imminente».

«Nous avons tellement à espérer – tellement de promesses et de potentiel de là où nous en sommes et tellement de raisons d’espérer», a-t-elle déclaré. «Mais pour le moment, j’ai peur.»

Le coronavirus était censé mettre du temps à changer de forme. Comme tous les virus, il capterait des mutations et évoluerait en milliers de variantes, ont déclaré des scientifiques au début de la pandémie. Mais cela ne changerait pas de manière significative pendant des années – un virus stupide, certains l’appelaient.

L’agent pathogène a défié ces prédictions. «Nous nous attendions à ce que le virus change», a déclaré le Dr Michael Diamond, immunologiste viral à l’Université de Washington à St. Louis. «Nous n’avions pas tout à fait prévu à quelle vitesse cela allait se produire.»

Une variante n’est préoccupante que si elle est plus contagieuse, provoque une maladie plus grave ou émousse la réponse immunitaire. Les variantes identifiées en Grande-Bretagne, en Afrique du Sud, au Brésil et en Californie répondent toutes aux critères.

Selon les estimations les plus récentes, B.1.1.7, le premier à avoir été largement retenu, est environ 60% plus contagieux et 67% plus mortel que la forme originale du virus.

La variante n’est pas différente de l’original dans la façon dont elle se propage, mais les personnes infectées semblent porter davantage le virus et pendant plus longtemps, a déclaré Katrina Lythgoe, biologiste évolutionniste à l’Université d’Oxford. «Vous êtes plus contagieux pendant plus de jours», dit-elle.

Le B.1.1.7 est si contagieux que la Grande-Bretagne n’a réussi à réduire les infections qu’après près de trois mois d’ordonnances strictes de rester à la maison, plus un programme de vaccination agressif. Malgré cela, les cas sont tombés beaucoup plus lentement qu’ils ne l’ont fait lors d’un verrouillage similaire en mars et avril.

En Europe continentale, une vague de cas B.1.1.7 se formait pendant des mois, la plupart du temps inaperçus sous un roulement constant d’infections. La vague variante est maintenant en crête.

Le taux de nouveaux cas quotidiens en Pologne a quintuplé depuis la mi-février, forçant la fermeture de la plupart des lieux publics. L’Allemagne a doublé, déclenchant une interdiction des rassemblements nocturnes à Berlin.

En France, où B.1.1.7 est à l’origine des trois quarts des nouvelles infections, certains hôpitaux ont dû déplacer des patients atteints de coronavirus en Belgique pour libérer des lits. À peu près autant de personnes meurent chaque jour de Covid-19 en Europe qu’il y a un an.

Pendant trop longtemps, les responsables gouvernementaux ont ignoré la menace. «Les plateaux de cas peuvent masquer l’émergence de nouvelles variantes», a déclaré Carl Pearson, chercheur à la London School of Hygiene and Tropical Medicine. «Et plus ces plateaux sont élevés, plus le problème est grave.»

Aux États-Unis, les infections à coronavirus ont commencé un déclin rapide en janvier, incitant bientôt de nombreux dirigeants d’État à rouvrir des entreprises et à assouplir les restrictions. Mais les scientifiques ont averti à plusieurs reprises que la baisse ne durerait pas. Après que le taux ait atteint un creux d’environ 55 000 cas et 1 500 décès par jour à la mi-mars, certains États – notamment le Michigan – ont commencé à connaître une hausse.

Depuis lors, les chiffres nationaux n’ont cessé d’augmenter. Samedi, le décompte quotidien atteignait près de 69 000, et la moyenne hebdomadaire était de 19% plus élevée que le chiffre deux semaines plus tôt.

Même lorsque les cas diminuaient, les chercheurs ont remis en question l’idée que les vaccinations en étaient la raison. Des millions d’Américains sont vaccinés chaque jour, mais même maintenant, seuls 31% ont reçu une seule dose d’un vaccin, et seulement 17% de la population bénéficie d’une protection complète, laissant une grande majorité vulnérable.

«Le fait est que nous sommes toujours dans une position où nous n’avons pas assez de personnes vaccinées», a déclaré Kristian Andersen, virologue au Scripps Research à San Diego. «Et si nous, comme le Texas, disons que nous en avons fini avec Covid-19, B.1.1.7 entrera et nous rappellera que nous n’avons pas raison. Je n’en doute pas.

La variante est particulièrement répandue en Floride, où l’État a levé les restrictions et n’a initialement pas vu de surtension. Les responsables d’autres États ont cité cela comme une justification de la réouverture. Mais maintenant, le taux d’infection de la Floride est en train de baisser.

La variante n’a peut-être été obscurcie que par ce que les scientifiques aiment appeler la saisonnalité. Les infections respiratoires sont généralement rares en Floride au printemps, a noté Sarah Cobey, biologiste évolutionniste à l’Université de Chicago. Les infections à coronavirus ont culminé en Floride l’année dernière en été, alors que la chaleur poussait les gens à l’intérieur, et pourrait le faire à nouveau.

«Je ne pense toujours pas que nous soyons sortis du bois», a déclaré le Dr Cobey, faisant référence au pays dans son ensemble. «Si nous n’avons pas une autre vague ce printemps, alors je serai vraiment très inquiet pour l’automne.»

Alors que la plupart des vaccins sont efficaces contre B.1.1.7, les chercheurs sont de plus en plus préoccupés par les autres variantes qui contiennent une mutation appelée E484K. (Les scientifiques l’appellent souvent, à juste titre, «Eek».)

Cette mutation a évolué indépendamment dans de nombreuses variantes dans le monde, ce qui suggère qu’elle offre au virus un puissant avantage de survie.

Dans les études en laboratoire, les vaccins Pfizer-BioNTech et Moderna semblent être légèrement moins efficaces contre B.1.351, le variant identifié en Afrique du Sud. Cette variante contient la mutation Eek, qui semble permettre au virus d’éviter en partie la réponse immunitaire du corps. Les vaccins fabriqués par Johnson & Johnson, AstraZeneca et Novavax étaient encore moins puissants contre B.1.351.

“Je pense que pour la prochaine année ou deux, E484K sera la mutation la plus inquiétante”, a déclaré Jesse Bloom, un biologiste évolutionniste au Fred Hutchinson Cancer Research Center à Seattle.

La mutation modifie légèrement la soi-disant protéine de pointe située à la surface du coronavirus, ce qui rend un peu plus difficile pour les anticorps de s’accrocher et de détruire l’envahisseur.

La bonne nouvelle est que le virus semble n’avoir que quelques astuces de survie dans son sac, ce qui permet aux scientifiques de trouver et de bloquer plus facilement ces défenses. «Je me sens plutôt bien sur le fait qu’il n’y a pas beaucoup de choix», a déclaré Michel Nussenzweig, immunologiste à l’Université Rockefeller de New York.

La mutation Eek semble être la principale défense du virus contre le système immunitaire. Des chercheurs sud-africains ont récemment rapporté qu’un nouveau vaccin dirigé contre B.1.351 devrait également repousser toutes les autres variantes.

Pfizer, BioNTech et Moderna testent déjà des injections de rappel nouvellement conçues contre B.1.351 qui devraient fonctionner contre toutes les variantes connues pour émousser la réponse immunitaire.

Au lieu d’un nouveau vaccin contre les variantes, cependant, il peut être tout aussi efficace pour les Américains de recevoir une troisième dose des vaccins Pfizer-BioNtech ou Moderna en six mois à un an, a déclaré le Dr Anthony S. Fauci, chef du National Institut des allergies et des maladies infectieuses.

Cela maintiendrait les niveaux d’anticorps élevés chez chaque receveur, écrasant toute variante – une stratégie plus pratique que de fabriquer un vaccin spécialisé pour chaque nouvelle variante qui émerge, a-t-il déclaré.

“Ma seule préoccupation à propos de la poursuite de toutes les variantes est que vous joueriez presque à Whac-A-Mole, vous savez, parce qu’ils continueront à venir et continueront à venir”, a déclaré le Dr Fauci.

Sous une forme ou une autre, le nouveau coronavirus est là pour rester, pensent de nombreux scientifiques. Plusieurs variantes peuvent circuler dans le pays en même temps, comme c’est le cas pour les coronavirus du rhume et la grippe. Les tenir à distance peut nécessiter un vaccin annuel, comme le vaccin contre la grippe.

Le meilleur moyen de dissuader l’émergence de variantes dangereuses est de limiter les cas dès maintenant et d’immuniser la grande majorité du monde – pas seulement les États-Unis – le plus rapidement possible. Si d’importantes poches du globe ne sont pas protégées, le virus continuera d’évoluer de manière dangereuse.

«C’est peut-être un problème auquel nous devons faire face pendant longtemps», a déclaré Rosalind Eggo, épidémiologiste à la London School of Hygiene and Tropical Medicine.

Pourtant, a-t-elle ajouté, «même si cela change à nouveau, ce qui est très susceptible de le faire, nous sommes dans une meilleure position, beaucoup plus forte qu’il y a un an pour y faire face.»

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